毛細管氣相色譜儀與填充柱氣相色譜儀很相近，不同的是:系統的死體積盡量小;柱前增設分流裝置;特殊的進樣裝置;柱后設尾吹裝置。
毛細管柱的清洗與維護
毛細管柱的優點之一就是當柱子被可溶性有機物污染時，可以用溶劑清洗以除去污染物，使柱得以再生。根據污染物的性質，可用正己烷、二氯甲烷、丙酮或苯等清洗。清洗方法：在柱內流動少量的上述溶劑，流動方向為從毛細管的出口端至柱入口端。待溶劑從柱中流出，將柱入口端與儀器連接，通入載氣，吹干溶劑后再進行1～2次程序升溫老化。清洗過程應注意：①溶劑必須用分析純試劑；②溶劑在柱內浸泡時間不能過長，以防止固定液液膜溶漲，而使柱效下降。如經上述處理之后，色譜儀基線仍不穩定，可能是由于一些難揮發成分在柱口處碳化引起的，此時可用專用切割工具在毛細管柱入口側切掉30～50mm。在毛細管柱的使用過程中應盡量做好樣品的前處理工作，避免難揮發組分進入色譜柱而形成污染。此外，分析溫度不能長時間保持在柱上限溫度附近，以減少柱流失，保證毛細管柱的高分離效率，同時也延長色譜柱的使用壽命。
毛細管氣相色譜儀是一般實驗室常用的分析儀器，對儀器各個部分的維護和保養是每個分析實驗室經常遇到的問題。因為具體情況不同，各實驗室所采用的處理方法可能有所不同。作為儀器的管理和分析人員，應該認識到儀器的正確使用和維護保養不僅能夠提高分析結果的準確性，還可以延長儀器的使用壽命，減少儀器的故障率，是順利開展分析檢測工作的有力保障。
